Phường Phú Tân có tổng cộng 14 khu phố, trong đó có 06 khu phố đủ tiêu chuẩn theo quy định (Khu phố 1, Khu phố 2, Khu phố 3, khu phố Hữu Thành, khu phố Phú Hữu, khu phố Đại định) và 08 khu phố không đủ tiêu chuẩn theo quy định (Khu phố 4, khu phố Hữu Chiến, khu phố Hữu Nhơn, khu phố Phú Thạnh, khu phố Phước Thành, khu phố Phước Thiện, khu phố Phước Trạch, khu phố Phước Định). Tuy nhiên, địa phương thực hiện sáp nhận 14/14 khu phố do liên quan đến địa giới hành chính.